Organigrama del Poder Ejecutivo

​Jefatura de la Oficina de la Gubernatura

• Unidos por Morelos

Secretaría de Gobierno

• Instituto Estatal de Documentación de Morelos
• Secretaría Ejecutiva del Sistema de Protección Integral de Niñas, Niños y Adolescentes del Estado de Morelos
• Comisión de Búsqueda de Personas del Estado de Morelos

Secretaría de Hacienda

• Fondo Estatal para la Promoción y Desarrollo de Eventos Vinculados con la Cultura y el Turismo
• Fondo Estatal para la Administración y Operación del recinto Deportivo “Agustín Coruco Díaz”

Secretaría de Desarrollo Económico y del Trabajo

• Junta Local de Conciliación y Arbitraje del Estado de Morelos
• Tribunal Estatal de Conciliación y Arbitraje del Estado de Morelos

Secretaría de Educación

• Coordinación Estatal del Subsistema de Preparatoria Abierta

Secretaría de Desarrollo Social

• Comisión Estatal de Evaluación del Desarrollo Social
• Instituto Morelense de las Personas Adolescentes y Jóvenes

Secretaría de Desarrollo Sustentable

• Procuraduría de Protección al Ambiente del Estado de Morelos

• Comisión Estatal de Biodiversidad

Comisión Estatal de Seguridad Pública

• Secretariado Ejecutivo del Sistema Estatal de Seguridad Pública
• Centro Estatal de Prevención Social de la Violencia y la Delincuencia con Participación Ciudadana

Jefatura de la Oficina de la Gubernatura del Estado

1. Instituto Morelense de Radio y Televisión.

Secretaría de Gobierno

1. Instituto de la Defensoría Pública del Estado de Morelos.
2. Instituto de Servicios Registrales y Catastrales del Estado de Morelos.
3. Instituto Pro Veteranos de la Revolución del Sur.
4. Coordinación Estatal de Protección Civil Morelos.
5. Comisión Ejecutiva de Atención y Reparación de Víctimas del Estado de Morelos.

Secretaría de Hacienda

1. Instituto de Crédito para los Trabajadores al Servicio del Gobierno del Estado de Morelos.
2. Fideicomiso de Certificados de Participación Ordinarios (sin operación).

Secretaría de Desarrollo Económico y del Trabajo

1. Instituto Morelense para el Financiamiento del Sector Productivo o Fondo Morelos.
2. Comisión Estatal de Mejora Regulatoria.
3. Instituto de Capacitación para el Trabajo del Estado de Morelos.
4. Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Morelos.
5. Fideicomiso del Fondo de Desarrollo Empresarial y Promoción de la Inversión.
6. Fideicomiso Parque Científico y Tecnológico Morelos.
7. Fideicomiso del Fondo de Competitividad y Promoción del Empleo.
8. Aeropuerto de Cuernavaca, S.A. de C.V.

Secretaría de Desarrollo Agropecuario

1. Fondo de Fomento Agropecuario (FOFAE).
2. Fideicomiso de Impulso Financiero al Campo Morelense (FIFCAM).

Secretaría de Educación

1. Colegio de Bachilleres del Estado de Morelos.
2. Colegio Nacional de Educación Profesional Técnica del Estado de Morelos.
3. Colegio del Estudios Científicos y Tecnológicos del Estado de Morelos.
4. Instituto Estatal de Educación para Adultos.
5. Universidad Politécnica del Estado de Morelos.
6. Universidad Tecnológica del Sur del Estado de Morelos.
7. Universidad Tecnológica “Emiliano Zapata” del Estado de Morelos.
8. Instituto de Educación Básica del Estado de Morelos.
9. Instituto Estatal de Infraestructura Educativa.
10. Instituto del Deporte y Cultura Física.

Secretaría de Salud

1. Régimen Estatal de Protección Social en Salud de Morelos (en proceso de extinción).
2. Servicios de Salud de Morelos.
3. Hospital del Niño Morelense.
4. Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia del Estado de Morelos.
5. Comisión Estatal de Arbitraje Médico.
6. Centro de Rehabilitación Integral Xoxotla (sin operación).

Secretaría de Turismo y Cultura

1. Museo Morelense de Arte Popular.
2. Centro Morelense de las Artes.
3. Fideicomiso Centro de Congresos y Convenciones Morelos.
4. Fideicomiso Museo Morelense de Arte Contemporáneo o Casa de Cultura Juan Soriano.
5. Fideicomiso Auditorio Cultural “Teopanzolco” o Centro Cultural “Teopanzolco”.
6. Fideicomiso Turismo Morelos.
7. Fideicomiso Balneario Agua Hedionda (en proceso de extinción).

Secretaría de Desarrollo Sustentable

1. Comisión Estatal del Agua.
2. Comisión Estatal de Reservas Territoriales, 
3. Fideicomiso Lago de Tequesquitengo.

Secretaría de Movilidad y Transporte

1. Operador de Carreteras de Cuota.
2. Sistema integrado de Transporte Masivo (sin operación).